一般来讲，探亲避孕药的副作用较少，发生率也低，常见的副作用有以下4方面：
（1）类早孕反应 有少数妇女服药后可引起恶心、呕吐、头昏、乏力等类早孕反应。多数人反应较轻，无须特殊处理；少数反应较重者，可给予维生素B6 10毫克或维生素C100毫克，每天3次。
（2）突破性出血 在服药期间出现的阴道流血称为突破性出血，可能是由于雌激素量过低或雌激素和孕激素之间的比例失调，使子宫内膜部分脱落所致。这时可用炔雌醇治疗，每天晚上服0.015毫克，每天1-2次，连服3天。如突破性出血发生在月经周期的后半期，可口服短效避孕药1号或2号，每晚1次，每次1-2片，连服4-5天。
（3）对月经影响 少数妇女服用探亲避孕药后可能使月经周期延长或闭经。有月经周期延长者，可服甲地孕酮25毫克及炔雌醇0.015毫克，有催经作用。如用药后出现闭经，可口服短效避孕药2号，每次2片，每天2次，连服3天，停药后月经即会来潮。也可用氯 酚胺治疗。
（4）对哺乳的影响 哺乳期妇女服药后可使乳汁分泌有所减少。