生蛋清中有一种名为亲合素的蛋白质，它在肠道里会与生物素结合成复合物，这种复合物稳定且没有活性，影响身体对生物素的吸收。长期食用生鸡蛋会造成生物素缺乏症，会出现全身乏力、皮屑性皮炎等症状。
生鸡蛋是一种半流质、黏胶食物，因此停留在肠胃中的时间比较短，通常是还没有消化吸收就会被排出体外。另外，生鸡蛋中的蛋白质绪构比熟鸡蛋中的蛋白质结构紧密，不易被肠胃中的蛋白水解酶所分解，因此其营养价值很难被利用。停留在肠胃中的大量未消化的蛋白质受到大肠杆菌的作用会产生较多的有毒物质，这些有毒物质一部分可由肝脏进行解毒。但由于宝宝的肝脏解毒功能比较弱，过多的有毒物质会加重肝脏的负担。
生鸡蛋具有腥味，会抑制中枢神经系统，减少消化液的分泌。此外，生鸡蛋中含有大量的病菌和寄生虫卵，直接食用生鸡蛋可能引起宝宝腹泻或寄生虫等多种疾病。